En linux existe una herramienta que nos salva en este caso, con duff podremos buscar y eliminar archivos duplicados, sean los que fueran.  El funcionamiento es sencillo indicamos la carpeta a explorar para hacer un escaneo y luego podemos también indicarle que elimine uno de esos 2 archivos.

Como se instala Debian, ubuntu y derivados:

# sudo apt-get install duff

El procedimiento para buscar archivos duplicados es:

# duff -r /ruta-al-direcorio

El resultado sería algo parecido a esto:

2 files in cluster 160 (1202745 bytes, digest 117c6a8b4a15dab31a74a08dbcdafa482540ca86)
/home/mauro/Dropbox/Fotos/Cargas de cámara/2014-07-30 23.06.07.jpg
/home/mauro/Dropbox/Fotos/Imágenes/2014-07-30 23.06.07.jpg
2 files in cluster 161 (1339971 bytes, digest f6d8136fe563c140c2078d9bb43c897dab8188eb)
/home/mauro/Dropbox/Fotos/Cargas de cámara/2014-07-11 00.36.14.jpg
/home/mauro/Dropbox/Fotos/Imágenes/2014-07-11 00.36.14.jpg

El resultado muestra que existen muchos archivos duplicados, en este caso imágenes las cuales podemos luego eliminar con este otro comando:

# duff -e0 -r /ruta-al-direcorio | xargs -0 rm

Este comando es crítico, deben tener en cuenta que esto hace un escaneo y eliminación de archivos sin consultar o sin evaluar que archivos son, por eso mismo se debe tener mucho cuidado.
Lo mejor siempre es verificar la salida del primer escaneo, ver si hay algún archivo importante y en caso de ser solo duplicados sin utilidad eliminarlos definitivamente.

Para ver otras combinaciones de nuestro duff podremos ver su manual

# man duff

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